почему нельзя занимать две руководящие должности в госучреждении

Слишком жирно))

тяжело сидеть на двух стульях одновременно в разных кабинетах

Статья 276. Работа руководителя организации по совместительству
Руководитель организации может работать по совместительству у другого работодателя только с разрешения уполномоченного органа юридического лица либо собственника имущества организации, либо уполномоченного собственником лица (органа).
Руководитель организации не может входить в состав органов, осуществляющих функции надзора и контроля в данной организации

Статья 282. Общие положения о работе по совместительству
Совместительство - выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время.
Заключение трудовых договоров о работе по совместительству допускается с неограниченным числом работодателей, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы, так и у других работодателей.
В трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством.
Не допускается работа по совместительству лиц в возрасте до восемнадцати лет, на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, если основная работа связана с такими же условиями, а также в других случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
Запрета нет. Это внутреннее совместительство.

а почему нельзя то? если заместитель директора занимается тем же направлением, что и отдел! правда это подразумевает под собой по ставке рабочего времени (если это так), а рабочий день при 1 ставке 8 часов, а при работе по совместительству (другая должность) должно быть не более 4-х часов в день, т. е. на работе вы будете обязаны быть 12 часов рабочих. Также, можно это оформить совмещением!