Сотрудник отработал 6 месяцев и пошел в отпуск на 28 дней.Но в середине отпуска пришел и написал заявление на увольнение

У вас всё сделали по закону - по истечении 6 месяцев работник имеет право на полный отпуск, а не пропорционально отработанному времени.
Оса, вам самой бы неплохо законы знать, прежде чем отвечать... вы ещё по КЗОТУ живёте и другим советуете. КЗОТА нет с 2002 года.

Но из-за этого и появляются проблемы. Работник должен вернуть деньги за часть отпуска. Если откажется - через Суд. Но чаще всего смысла судиться нет - овчинка не стоит выделки.

Да, такое возможно, отпуск за текущий период можно брать авансом. В принципе, имеете право вычесть из его расчета лишние отпускные. Вы же так или иначе будете ему что-то доплачивать, премии, выслугу, еще что-то. вот и сминусуйте оттуда. Ну если этого не хватит, то потребуйте возврата денег через кассу. Она у вас есть? Не оформляйте приказ, не отдавайте трудовую, пока не вернет. Иначе только в суд.

"хороший" у вас бухгалтер, который начислил незаработанные средства...

Не слушайте такие басни типа не отдавайте трудовую или не оформляйте приказ. за это могут так наказать, мало не покажется!! !
Все правильно сказала Этника, отпуск предоставлен законно, если при увольнении не будет возможности удержать за часть отпуска, который был предоставлен авансом, то либо работник добровольно внесет эти деньги в кассу предприятия, либо эта сумма пойдет на убытки самого пред-я. Можно конечно попробовать взыскать через суд, если сумма значительная, а так.... больше времени истратите и денег на адвоката или юриста, чем получите.
Это просто тот самый коммерческий риск.

хреново, если удержать в счет полученных отпускных нечего то придется взыскивать через суд

Ситуация самая обычная, работник имеет право на отпуск за рабочий ГОД, то есть полностью, на 28 дней. Вы должны удержать излишне выплаченные отпускные, если есть с чего, если нет - только через суд.
Можно попросить внести в кассу, но нельзя не отдавать трудовую.

требовать то он может. только получит ли? Но все равно-подавайте в суд. а лучше всего. в последний день при выдаче трудовой книжки отдайте ему заявление в суд (копию) . думаю-может сработать. .
а на будущее. если еще такая ситуация получится- самый верный способ- не принимать заявление- пусть отправляет по почте. это займет больше времени. и работнику придется хоть немного. но отрабатывать. .

просто из за таких вот кидалов, нормальным людям потом полностью отпуск не дают...

Удержать излишне выплаченные отпускные Вы не только имеете право, но и обязаны. не отдает добровольно, идите через суд.

После полгода работы ему нельзя было использовать 26 дней отпуска.

и? ? где вопрос?

Через 6 месяцев на такой период отпуск не положен, Отдайте все, что нужно отдать, а вообще если бухгалтер, простите малограмотный, то держите дома КЗОТ, там все написано