Как объяснить иностранцу почему фраза: "да, конечно!" иногда бывает отрицательной?

Вам нужно сказать что это сарказм. Иностранец спросит как распознать когда это сарказм а когда нет и как отличить. Тогда вам надо будет изобразить интонацию когда это произносится с сарказмом. То есть утвердидельный вариант с паузой между словами не сарказм. Эта фраза без паузы и признесенная ровно, без явных ударений - сарказм. (как правило) Так же следует монимать контекст - предполагает ли он сарказм и уместен ли он в данном случае или нет. Все эти оттенки интонаций мы понимаем автоматически но для иносранцев это не очевидно. Иностранцу если он хоче выразить сомнение в форме сарказма лучше использовать фразу "да ну? " вместо "да, конечно" иначе если он неправильно поставит интонацию его могут неверно понять.

По-русски на вопрос "Ты больше не куришь? " можно ответить "да, конечно, я больше не курю".
По-немецки: Rauchst du nicht mehr? - Nein, natürlich rauche ich nicht mehr.

Можно объяснить на подобных примерах, что мы подтверждаем отрицание, а не отрицаем предположение.

ты так говоришь словно сарказм только в русском языке существует.

с таким же успехом говорят по-английски "yes, sure!"

прямо так и скажи: фраза: "да, конечно! " иногда бывает отрицательной

Потому что сарказм. Мне кажется, это отнюдь не только русское явление.

Опять начинается жевание мифа про уникальность и неповторимость русского языка? Сарказм, как вам уже писали, существует во всех языках, а фразеологизмы и речевые обороты того же английского, не говоря уже про испанский и португальский, могут повергнуть в ступор не хуже, чем "да нет, наверное". Те, кто вопят про уникальность русского, просто никогда толком не учили другие языки.

Приведите аналогию с репликой a-ha (ага) , которая в англоязычном мире выражает скепсис, недоверие, сарказм, издёвку, в зависимости от контекста ("ага-ага... ", "ага, ну конечно... ", "а-га, вот оно как... ").
В немецком это может просто звук "пффф! ".