Как перевести: He must have probably been an excellent student

Не совсем верно написано. Имеется в виду другое.
Дело в том, что в значении "предположения" используются разные глаголы, выражая различную степень уверенности.
He might have been an excellent student. - Возможно, (хотя едва ли) он был отличником. - He might not have been an excellent student. - Возможно, он не был отличником.
He may have been an excellent student. - Возможно/вероятно он был отличником. -He may not have been an excellent student. - Возможно/вероятно он не был отличником.

Must же выражает наибольшую степень уверенности, на РЯ переводится "должно быть", "наверняка". Зачастую это значение у must называют logical deduction (логический вывод, умозаключение).
Он, должно быть, был лучшим студентом/отличником. Он наверняка был отличником. Должно быть, он был отличником.
НО! В этом значении (в отличие от своих собратьев - других модальных глаголов) must "работает" только в утвердительной форме!!! Это правда, и придётся вам в это поверить. Отрицательное предложении, в котором отрицание передавалось бы отрицательной формой модального глагола must, построить нельзя. He must not have been an excellent student. - СКАЗАТЬ НЕЛЬЗЯ! Для отрицания предположения с модальным must требуются другие языковые средства, чаще всего те, что вы и перечислили - probably, perhaps, obviously. Поскольку перфектный инфинитив (have been) показывает отнесённость к прошлому, в отрицательном предложении будет прошедшее время. - He wasn't probably the best student. Obviously, he wasn't the best student.
Так же к отрицательному предложению по смыслу приравнивают другой модальный глагол - can. Can в отрицании и вопросе в сочетании с различными видами инфинитивов выражает недоумение, сомнение в том действии, которое выражено смысловым глаголом. На РЯ переводится как "Разве ...", "Неужели ..?", "Не может быть, что ..!"
He can't have done that! - Не может быть, что он это сделал!
He must have been an excellent student. (утверждение, в котором must передаёт наибольшую степень уверенность относительного предполагаемого действия) - Должно быть, он был отличником.
Отрицание для данного предложения будет выглядеть либо так

He wasn't probably the best student. Obviously, he wasn't the best student.
Либо так
He can't have been an excellent student.(отрицание, в котором can't передаёт наибольшую степень сомнения относительно действия) - Не может быть, что он был отличником.

"Он, вероятно, должен был быть лучшим студентом" никакого отрицания нет.

Должно быть он был отличником.

Бред. Некая степень сомнения, вероятности, но никак не отрицание.

наверное он был отличником