Почему had to заменяет must в прошлом?

Интересный вопрос. В учебниках по грамматике пишут, что у некоторых модальных глаголов есть только форма Present Indefinite, хотя в одном из значений can имеет форму Past Indefinite could (общее умение, способность).

He can speak German. He could speak German when he was a child.

Об этимологии глагола must. В этимологическом словаре Online Etymology Dictionary указывается, что must происходит от староанглийского moste, формы прошедшего времени староанглийского глагола motan со значением долженствования или умения. Т. е. must -- это уже форма прошедшего времени или, возможно, форма сослагательного наклонения, которая совпала или стала похожей на форму прошедшего времени для некоторых глаголов в английском и некоторых других германских языках (ср. форму конъюнктива II модальных глаголов в немецком).

http://etymonline.com/index.php?term=must&allowed_in_frame=0

http://www.studygerman.ru/online/manual/konjunktiv1.html

По этой причине could является более вежливой формой can, когда высказывается предположение или делается предложение. В этом значении could -- не форма прошедшего времени, а застывшая форма сослагательного наклонения, которое используется для выражения вежливости.

Почему вместо must в значении долженствования в прошедшем времени используется had to? Потому что форма must когда-то была формой прошедшего времени или сослагательного наклонения. В современном английском она утратила значение прошедшего времени или сослагательности. На первое место вышла модальность (долженствование, обязанность или убежденность). Для временной соотнесенности с прошлым в значении долженствования must было вытеснено формой другого глагола (have) так как у have близкое модальное значение, а в значении убежденности при соотнесенности с прошлым она используется, но прошедшее время маркирует перфектный инфинитив.

You must follow the rules. You had to follow the rules.
You must be tired. You must have been tired.

Так исторически сложилось.

По правилу. Так называемый недостаточный глагол.)

Потому что must - это наречие, у него нет прошедшего времени.

Потому что must не имеет прошедшего времени (и будущего тоже). Must больше для приказов и законов, а при этом в основном используется настоящее время.