Вопрос к знатокам английского. Почему (in a car) а не (on a car)?*

В машине, а не на ней. Хотя... смотря какая машина...

on = на крыше машины))

Это нужно просто выучить.
Мы вот говорим "ехать НА машине", хотя на самом деле мы едем В ней.

Таковы правила. in the car, in the taxi, НО on the plane, train, ship, bus, bike

В машине, а не на ней верхом

Тут речь надо вести, скорее, о странностях не английского, а русского языка. Мы почему-то говорим: поехали НА автобусе, НА машине, НА такси, НА поезде, хотя по логике надо бы применять предлог В.
Вот англичане в этих случаях вполне логично используют предлог IN (хотя, мне кажется, чаще фигурирует предлог BY: by bus, by plane и т. д.)
А еще мы говорим "мальчик сидит НА дереве". Англичанин скажет "IN the tree". И это тоже более логично, потому что мальчик, конечно, не сидит сверху на верхушке дереве, а находится среди веток и листвы.
И еще сравните: русское "погуляй НА открытом воздухе" и английское "walk IN the open air." Согласитесь, что, строго говоря, человек находится именно В воздухе, а не НА нём.

In a car -в автомобиле, on a car- на автомобиле.

Предлоги в английском- это вообще отдельная тема. Никто не знает почему так и кто это придумал. В данном случае «in” логичнее будет- в машине же. Но «on board of the plane/ship”. Так что объяснений предлогам нет-нужно все учить .