Почему иногда what do you want,а иногда what are u doing? как понять логику

The present continuous tense usage.
Форма present continuous: глагол to be в личной форме (am, is, are) и причастие настоящего времени от смыслового глагола.
1. Действие в данный момент времени. The birdie is flying. Птичка летит. Кроме глаголов не действия: чувств - like, love, prefer, hate; восприятий - feel, understand, agree, know, seem, sound, taste; состояния души - want, wish, need, состояния вещей - belong, contain, include, possess, owe, own.

Потому что в первом случае вопрос в Present Simple, а во втором в Present Continuous. Разные видовременные формы образуются по-разному.
Как понять логику - грамматику изучать.

Что ты хочешь ? ( вообще и не в данный момент времени)- What do you want? ( Present Indefinite Tense ) . Что ты ( прямо сейчас) делаешь) ?-What are you doing?- Present Continuous Tense.

во втором случае тавтология получается, хотя можно ставить do - what do u doing

Ам

помимо всего что писали выше скажу, что есть такие глаголы, которые обычно не ставятся в present continuous (но бывают исключения). Они называются stative verbs.
(мысли и мнения) thoughts and opinions: agree, believe, doubt, guess, imagine, know, mean, recognise, remember, suspect, think, understand.
(чувства и эмоции) feelings and emotions: dislike, hate, like, love, prefer, want, wish.
(ощущение и восприятие) senses and perceptions: appear, be, feel, hear, look, see, seem, smell, taste.

глагол want входит в это число. т.е. будет некорректно сказать what are you wanting?

могу посоветовать один учебник на английском, там все подробно описано, English Grammar in use 5th edit.

Всмысле..Какой контекст?

Ай донт кноу