почему болят мышцы?

На этот счет имеются две гипотезы.
1. Молочная кислота

а) При активной работе мышцам не хватает кислорода для полного окисления глюкозы (до углекислого газа) , и они окисляют её лишь частично (до молочной кислоты) .

б) Накопление молочной кислоты приводит к увеличению концентрации цитоплазмы мышечных клеток.

в) Вода движется туда, где концентрация выше, как бы пытаясь разбавить раствор (такое явление называется «осмос») . Стало быть, вода заходит внутрь мышечных клеток, и они набухают.

г) Разбухание мышечных клеток приводит к сдавлению нервных окончаний и нервов. Возникает боль.
2. Повреждения мышц

а) Только не надо волноваться, мышцы не рвутся.

б) И мышечные клетки (волокна) тоже не рвутся.

в) Внутри мышечных клеток (волокон) , кроме обычных органоидов (митохондрий, лизосом, эндоплазматической сети и т. д. ) есть ещё специальные органоиды, характерные только для мышечных волокон – миофибриллы. Вот они – да, немножечко повреждаются (некоторые из них) .

г) Через некоторое время мышечные клетки приступают к ремонту: разбирают поврежденные миофибриллы на составные части и на месте разобранных делают новые. Составные части миофибрилл – это небольшие по размерам вещества, растворение их в цитоплазме волокон приводит к повышению концентрации, следовательно, к осмосу, разбуханию, сдавлению нервных окончаний и нервов, боли.
3. Рост мышц

а) Третья гипотеза только что почерпнута мной из английской Википедии. Она очень простая!

б) После повышенных нагрузок клетки начинают увеличивать количество миофибрилл («накачиваться») , и что?

в) Растут! Разбухают! Ну а дальше все как в предыдущих сериях.

Возможно, все три гипотезы верны. Молочная кислота вызывает боль в самом начале, затем следует боль от починки повреждений, затем – от роста.

Может после бега следует потянуть мышцы.

Я не врач, но по моим понятиям ОРГАНИЗМУ не хватает питания.
И тут два варианта - или много бегаешь или мало ешь.
А питаться надо простой ГЛЮКОЗОЙ.
Если не глюк ----то просто САХАРА не хватает организму. Может и не сахара. Обрати внимании на своё ПИТАНИЕ.
Это как капельница. Короче говоря от неё НЕ ПОТОЛСТЕЕШЬ.
Я НЕ ВРАЧ.

если давно не тренеровались возможно. передышку надо делать

Это от того, что ты бегаешь. Попробуй в следующий раз меньше бегать, чтобы не нагружать ноги.

мышцы не привыкли. Нужно давать им отдых. Бегай через день. Это избыток кислоты в мышцах, поэтому и болят. Перетерпи и всё будет намана