Работаю срочному договору до 31.12.2013. Забеременела. Рожать весной 2013.Могут ли уволить по окончанию срока договора?

Да, конечно. Ст. 79 ТК РФ не содержит запрета на увольнение в период отпуска по БиР и отпуска по уходу за ребенком. В ст. 79 четко сказано, что срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия.